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La especie más grande es el pingüino emperador (Aptenodytes forsteri): los adultos tienen una altura promedio de 11 dm y pesan 30 o más kg. La especie más pequeña es el pingüino azul (Eudyptula minor), el cual posee típicamente una estatura de entre 35 y 40 cm y pesan alrededor de 1 kg. Generalmente los pingüinos más grandes retienen mejor el calor y por lo tanto habitan regiones más frías, mientras que las especies más pequeñas se encuentran en climas templados e incluso tropicales.
Hasta el siglo XIX la denominación pingüino era dada a una especie diferente que habitaba las costas del Atlántico Norte, miembro de otro orden de aves (Charadriiformes) también conocida como alca gigante o imperial; por convergencia evolutiva el alca gigante o 'pingüino' boreal era bastante similar en aspecto y costumbres a los pingüinos australes (orden Sphenisciformes), los únicos existentes en la actualidad ya que el alca gigante o pingüino boreal se ha extinto por causas antrópicas.
Es así que la denominación original de 'pingüino' correspondía a la especie hoy desaparecida, mientras que los pingüinos australes eran llamados "pájaros bobos" dadas sus dificultades para escapar de los cazadores si se encontraban en tierra.
En 2002 científicos argentinos descubrieron en las costas de la Península Antártica una subespecie de pingüino emperador cuyos ejemplares llegan a medir 1,6 m.
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